Appliquer une retenue de moitié sur la rémunération du fonctionnaire qui ne respecte pas, plusieurs fois sur une période de vingt-quatre mois, l’obligation de transmission des arrêts de travail dans le délai imparti de 48 heures, c'est fait.
L’article 126 de la loi de finances pour 2014 a instauré cette possibilité, un décret d'octobre 2014 a précisé cette disposition pour les trois fonctions publiques et la DGAFP a publié pour les agents de l’État une circulaire datée du 25 avril 2015 qui décrit son application.

Qui est concerné ?
Sont visés tous les fonctionnaires titulaires ou stagiaires.
Les agents contractuels, en principe affiliés aux caisses primaires d'assurance maladie comme les salariés du privé, sont déjà concernés par la réduction de la moitié de leurs indemnités journalières en cas de retard de transmission de leur arrêt de travail.

Les modalités d’application de la sanction
Pour obtenir un congé de maladie ainsi que le renouvellement du congé initialement accordé, le fonctionnaire adresse à l'administration dont il relève, dans un délai de 48 heures suivant son établissement, un avis d'interruption de travail. Cet avis indique, d'après les prescriptions d'un médecin, d'un chirurgien-dentiste ou d'une sage-femme, la durée probable de l'incapacité de travail.
En cas de manquement à cette obligation, l’administration informe l’agent de la réduction de la rémunération à laquelle il s’expose en cas de nouvel envoi tardif dans une période de vingt-quatre mois à compter de la date de prescription du premier arrêt de travail envoyé tardivement. Si dans cette période, l’agent transmet de nouveau tardivement un avis d’arrêt de travail, l’administration est fondée à réduire de moitié sa rémunération entre la date de prescription de l’arrêt et la date effective de son envoi.
Ne sont pas concernés : les congés de maladie accordés dans les circonstances exceptionnelles (second alinéa de l’article 34 de loi n° 84-16 du 11 janvier 1984), les congés longue maladie et de longue durée qui font déjà l'objet d'une procédure d'octroi comportant un contrôle administratif et médical de leur bien-fondé, les congés « pathologiques » pris en charge au titre du congé de maternité.

Le montant de la sanction
Le montant retenu pour jour est égal à la moitié du traitement brut, de la NBI et des primes et indemnités, soit 1/60ème.
Sont toutefois exclus le SFT, l’indemnité de résidence, les indemnités ayant le caractère de remboursement de frais, par exemple le remboursement partiel des abonnements pour le trajet entre le domicile et le lieu de travail, etc.

Les exceptions au délai de 48 heures
Dans tous les cas, l’agent hospitalisé est exonéré du respect de l’obligation de transmission de son arrêt de travail dans le délai de 48 heures, il dispose d’un délai de 8 jours à compter de la date d’établissement de l’arrêt de travail, pour justifier de son incapacité à transmettre l’avis d’arrêt de travail.
Par ailleurs, l’administration doit prendre en compte tous les cas de force majeure (mouvements sociaux à La Poste, etc.).
Exemple : l’agent mis en arrêt de travail le 5 mai et qui n’a pas pu transmettre son avis d’interruption de travail dans le délai de quarante-huit heures, peut justifier de son incapacité à effectuer cette formalité jusqu’au 13 mai inclus.

Calcul du délai de 48 heures
L’arrêt de travail prescrit doit être transmis dans un délai de 48 heures après son établissement. En cas de jour férié, le délai est prorogé jusqu’au premier jour ouvrable suivant.
Exemple : si l’arrêt de travail est prescrit le 12 juillet, le délai de 48 heures court jusqu’au 14, jour férié. Le délai est donc porté au 15 juillet si c’est un jour ouvrable (si le 15 est un dimanche, le délai court jusqu’au lundi 16).
Nota : l’agent doit transmettre à son service gestionnaire les volets n° 2 et 3 de l’avis d’arrêt de travail, soit par courrier, soit en le remettant personnellement ou en le faisant remettre par la personne de son choix contre remise d’un récépissé. Certaines administrations ont mis en œuvre des modalités matérielles spécifiques d’envoi de l’avis d’interruption de travail par télécopie ou par courriel.

Pour en savoir plus : Circulaire relative au délai de transmission des arrêts de maladie des fonctionnaires dans la fonction publique de l’État